微陣列(arrays)分析是zui廣泛使用的PGS技術(shù)。
PicoPLEX全基因組擴增技術(shù)已經(jīng)成為PGS的標準擴增技術(shù)。
植入前基因篩查和診斷(PGS,PGD)指體外受精(IVF)過程中所做的胚胎或卵母細胞測試,以便選擇沒有染色體變異或帶有家族遺傳疾病等位基因的胚胎,提高懷孕成功率,降低特定遺傳病的傳遞風(fēng)險。微陣列分析是IVF機構(gòu)zui常用的PGS技術(shù),應(yīng)用PicoPLEX技術(shù)的好幾種試劑盒被廣泛使用。包括Illumina’s 24Sure 微陣列(原 BlueGnome’s 24Sure), Perkin Elmer’s KaryoLite BoBs developed for PGS和 Oxford Gene Technology’s CytoSure™ 微陣列。不過實驗室研究趨向是使用低深度的新一代測序(NGS)替代微陣列,PicoPLEX DNA-seq正好滿足這種需求。
植入前基因篩查診斷流程
首先從受精卵吸取一個極體或者從受精后第三天的5到10個胚胎細胞吸取單細胞。裂解細胞后,釋放出來的DNA進行擴增,所得產(chǎn)物標記后與含有目標基因組的微陣列雜交。分析軟件會識別出拷貝數(shù)變異。具有高穩(wěn)定性和可再現(xiàn)性,PicoPLEX全基因組擴增技術(shù)已經(jīng)成為PGS的標準擴增技術(shù)。這一技術(shù)也適用任何單細胞樣品和皮克級純化DNA的基因特征分析。
胚胎細胞(極體 卵裂 囊胚)——PicoPLEX試劑(裂解擴增DNA)——微陣列雜交——染色體變異分析
PicoPLEX技術(shù)
PicoPLEX使用非互補引物進行隨機引物延伸,所得文庫系統(tǒng)偏差高,而隨機偏差極低。
引物特點:隨機引物延伸和非互補引物
文庫特征:高系統(tǒng)偏差 低隨機偏差
* US patent 7,803,550 and EP1924704
PicoPLEX® WGA Kit
植入前基因篩查(PGS)PicoPLEX®單細胞擴增試劑盒
從單細胞中擴增DNA構(gòu)建高重復(fù)性的文庫現(xiàn)在成為可能。PicoPLEX WGA kit采用技術(shù),設(shè)計、優(yōu)化用于從單細胞中擴增單拷貝基因組DNA。起始量低至單細胞或6pg基因組DNA。便捷的單管操作流程減少失誤,節(jié)省時間并降低反應(yīng)背景。
PicoPLEX WGA Kit兼容微陣列比較基因組雜交(array CGH)分析及PCR平臺,被試管嬰兒行業(yè)供應(yīng)商如BlueGnome信賴并用于PGS/PGD。
操作流程
單管,三步。在1個PCR管或微孔中3個小時即可完成。無需樣品純化和轉(zhuǎn)移過程,降低了樣品損失,避免了操作污染和操作誤差。
單細胞擴增再現(xiàn)性良好
腫瘤細胞經(jīng)流式細胞術(shù)分選后,采用PicoPLEX WGA Kit 擴增。每個細胞(藍色曲線)擴增比率相同,并且預(yù)期產(chǎn)量相同。不含細胞的樣品(綠色曲線;空白模板對照)顯示非常低的背景。
適用CNV分析
CNV(拷貝數(shù)變異)分析:單個卵裂球樣品采用PicoPLEX WGA Kit擴増,標記后與BlueGnome®24sure® arrays雜交(Genesis Genetics Institute),結(jié)果清晰地顯示了拷貝數(shù)變異。2011年ESHRE (歐洲人類生殖與胚胎學(xué)會)的臨床實驗證明了采用PicoPLEX 技術(shù)進行人類染色體核型分析的準確性。
PicoPLEX技術(shù)
技術(shù)優(yōu)勢:利用特殊隨機引物(Quasi-random primer)引發(fā)線性擴增進行全基因組擴增。
相比于以往的PCR、MDA、MALBC為基礎(chǔ)的單細胞全基因組擴增技術(shù),操作簡單快速。擴增zui大優(yōu)勢:再現(xiàn)性良好。
PicoPLEX技術(shù):單細胞在單管或單孔中裂解。在預(yù)擴增過程中,特殊隨機引物與基因組DNA結(jié)合延伸,形成發(fā)夾結(jié)構(gòu)文庫,在接下來的擴增中,只有發(fā)夾結(jié)構(gòu)的文庫被擴增。
(中文版:單細胞 細胞裂解 模版DNA 變性與回收模版 退火引物 引物延伸 變性與引物重連 延伸;莖環(huán)形文庫收集 擴增
*步:細胞裂解;第二步:預(yù)擴增 采用特殊隨機引物選擇性結(jié)合基因組DNA后進行擴增;第三步:擴增 使用含有illumina index的引物進行擴增)
應(yīng)用
拷貝數(shù)變異分析-CNV(aCGH)
單核苷酸多態(tài)性分型-SNP
基因突變篩查-PCR
不能直接應(yīng)用NGS,PicoPLEX DNA-seq Kit可以直接應(yīng)用NGS。
擴展產(chǎn)品
PicoPLEX DNA-Seq (Picoseq) 技術(shù)在PicoPLEX WGA技術(shù)的基礎(chǔ)上發(fā)展,擴增部分與PicoPLEX類似,但是在擴增的第二步,會加入Illumina接頭和index(條形碼)。
訂購信息
貨號 | 產(chǎn)品名稱 | 包裝 |
RB3050/R30050 | PicoPLEX WGA Kit單細胞基因組擴增試劑盒,array CGH、PCR分析用 | 50次反應(yīng) |
RB3381/R300381 | PicoPLEX DNA-seq Kit,48種雙端Illumina indexes | 48次反應(yīng) |